ثالثًا: الترتيب المصنف حسب الموضوعات
فمصادر تفسير القرآن تستقل بقوائمها، وكذلك مصادر الحديث، والعقيدة، والفقه، والأصول، واللغة، وهي في نفسها تقسم تقسيمًا موضوعيًّا آخر، فالبحث التاريخي -على سبيل المثال- ربما تقسم مصادره حسب الأماكن والبلدان، والبحث في التربية ربما تقسم مصادره حسب المستويات المتعددة للمراحل التعليمية؛ كالمرحلة الابتدائية والمتوسطة والثانوية.
والمصادر الفقهية ربما تقسم حسب المذاهب الفقهية المختلفة ... إلخ.
التنظيم للمصادر على هذه الطريقة مفيد ومساعد جدًّا، خصوصًا إذا كانت دراسة البحث تسير على نفس الطريقة في تقسيم البحث وتنظيمه. يتخلل هذه الطريقة بعض الصعوبات عندما يتوافر في الكتاب الواحد معالجة موضوعات كثيرة تنتمي إلى أقسام متعددة؛ وحينئذ يصنف مثل هذا الكتاب مع أكثر الموضوعات وأقربها انتسابًا إليه.
يراعى داخل التقسيم الموضوعي ترتيب المصادر ترتيبًا هجائيًّا، أو أبجديًّا.
رابعًا: الترتيب حسب نوعية المصادر وطبيعتها
بعض الكُتَّاب والباحثين يعمل قوائم مستقلة للمصادر الأساسية، وأخرى بالمصادر الثانوية، قوائم خاصة بالمصادر وأخرى خاصة بالدوريات، البحوث المنسوبة لأصحابها، والأخرى التي لم يسم أصحابها، وكتب المراجع هي نفسها تمثل قسمًا مستقلًّا.