الأولى على تفسير القرآن بالقرآن، ثم تفسير القرآن بالسنة، ثم تفسير القرآن بالعقل والاجتهاد، ويعتبر ـ بهذا ـ امتداداً لمنهج صاحب تفسير الميزان، ولهذا نراه يقوم بتوضيح مباحث الميزان وتبسيطه والإضافة عليه، وهذا سبب ضخامة حجمه؛ فعندما يذكر العلامة الطباطبايي لموضوع ما بعض النماذج من الآيات القرآنية، يضيف إليها شواهد قرآنية أخرى كثيرة، وهكذا في كل قضية تطرح في تفسير الميزان.

2. هو يجمع بين التفسير التحليلي والموضوعي، حيث يعرض الموضوعات القرآنية الكثيرة، ويربطها بالحقوق المعرفية المختلفة، سواء كانت دينية أو فلسفية أو اجتماعية أو فقهية أو غيرها.

3. ألقي هذا التفسير في بداية الأمر على شكل محاضرات على حشد من طلبة العلوم الدينية، ثم جرى تبديل أسلوبه الخطابي فيما بعد الى الأسلوب الكتابي.

4. يركز هذا التفسير على الجانب الموضوعي للقرآن، وعلى النحو الترتيبي حيث يبدأ فيه من سورة الحمد، ويفرد المجلّد الأول منه لتفسير سورة الحمد، ويستعرض في مستهل الكتاب مباحث حول معرفة القرآن ومنهج التفسير، وأهم المباحث التي تناولها في هذا القسم ما اختص بالمباحث الجديدة من علم القرآن ومعارفه والرد على الشبهات وخاصة ما يتعلق منها بفهم النصوص الدينية.

5. أسلوب الكتاب مدرسي بصياغة صناعية وهو موجّه خصوصا إلى طلبة الحوزة الدينية، ولهذا السبب فهو لا يخلو من صعوبة، هذا فضلاً عن أنه نادراً ما يميل الى نقل الأقوال المسندة أو الخوض في النقد التحليلي للأقوال.

6. يقدّم عند ذكر الآية تفسيراً مقتضباً لها بدلاً من ترجمتها، لكي يتسنّى فهم معناها بإيجاز.