2 ــ أنه لا يمكن الحديث عن التعامل بين جمعية العلماء المسلمين الجزائريين والطرق الصوفية دون البحث في المدارس الفكرية التي تنتمي إليها، أو دون محاولة ربط ما حصل في الجزائر بين الجمعية والطرق الصوفية مع ما حصل مثله في غيرها من البلاد على امتداد فترات طويلة من التاريخ.. ولهذا حاولنا في هذا البحث أن نرجع في كل قضية خلافية إلى جذورها التاريخية والثقافية، باعتبار أن ما حصل بين الطرفين هو امتداد لما حصل قبل ذلك.

3 ــ أنه من الخطأ المنهجي إعطاء أحكام عامة فيما يرتبط بمواقف أعضاء جمعية العلماء المسلمين الجزائريين أو محاولة تصنيفهم، وسبب ذلك أن الجمعية في أصلها تكونت من الطبقة الجزائرية المثقفة الراغبة في الإصلاح، وهي طبقة قد تشكلت قناعاتها الفكرية قبل دخولها الجمعية، وبالتالي دخلت إلى الجمعية بذلك التوجه الفكري الذي تحمله، وهذا ما جعلنا نميز في تحديدنا لاتجاه الجمعية بين القناعات الفكرية لأعضائها، والتي هي نتاج الثقافة الخاصة بكل عضو، والمشروع النهضوي الذي أتت به الجمعية أو توحدت عليه.

4 ــ أن معظم الدراسات تعتبر جمعية العلماء المسلمين الجزائريين كجمعية وتنظيم ضمن (الحركات السلفية) التي كانت في ذلك الحين في أوج نشاطها، والخلاف بين هذه الدراسات في نوع التيار السلفي الذي تنتمي إليه