ومن مؤلفاته التي كتبت على شكل تقريرات لدروسه كتبها تلاميذه: دراسات في علم الأصول بقلم تلميذه السيد علي الهاشمي الشاهرودي قرر فيها الدورة الأصولية الثالثة لمحاضراته، ومنها محاضرات في أصول الفقه بقلم الشيخ محمد إسحاق الفياض وهي دورة أصولية امتدحها السيد الخوئي كثيراً، ومنها مباني الاستنباط بقلم تلميذه السيد أبو القاسم الكوكبي التبريزي، ومنها مصابيح الأصول: بقلم السيد علاء الدين بحر العلوم، ومنها رسالة في الأمر بين الأمرين بقلم محمد تقي الجعفري، ومنها مصباح الفقاهة في المعاملات: بقلم محمد علي التوحيدي الذي وصفه السيد الخوئي عند تقريظه للكتاب بالمتتبع المدقق واسع الاطلاع، ومنها التنقيح في شرح المكاسب: بقلم علي الغروي التبريزي، ومنها محاضرات في الفقه الجعفري: بقلم السيد علي الهاشمي الشاهرودي، ومنها المستند في شرح العروة الوثقى: بقلم مرتضى البروجردي، ومنها تحرير العروة الوثقى: بقلم قربانعلي محقق الكابلي، ومنها دروس في الفقه الجعفري: بقلم السيد مهدي الخلخالي.

ومن مؤلفاته التي كتبها بنفسه: معجم رجال الحديث، ومنها البيان في تفسير القرآن، وقد حظي باهتمام الباحثين منذ الأيام الأولى لصدوره على مستوى الحوزة والجامعة.

ومنها رسالة في نفحات الإعجاز: كتاب كلامي يدافع فيه عن إعجاز القرآن الكريم، ردّ فيه على رسالة [حسن الايجاز في إبطال الإعجاز] التي لفقها بعض الامريكان المعرف لنفسه بنصير الدين الظافر في إنكار إعجاز القرآن[1].

ومنها معجم رجال الحديث، ويعد من أهم المصنفات التي شهدها تاريخ علم الرجال حيث لم يدون مثله كتاب جامع، مع مدخل مفصل في المجلد الاول تعرض فيه لمجموعة

[1] أقا بزرك الطهراني، الذريعة الى تصانيف الشيعة، 24/246.