تمهّل قليلاً، فالناس قد تعبوا وفتروا، فيقول: كلاّ، ليس الناس كما تقولون، إنني أعرف الشعب أفضل منكم. ونرى صحة كلامه تتجلى يوماً بعد يوم.. وأخيراً، والأسمى منها جميعاً، آمن بربّه)

وهكذا نجد الخميني يشيد كثيرا بتلميذه الوفي، ومن ذلك ما ذكره عنه بعد استشهاده: (إنني أعزي وأهنئ الإسلام والأولياء الكرام والأمة الإسلامية وخاصة الشعب الإيراني المجاهد، بمصابهم المؤسف بالشهيد الجليل والمفكر الفيلسوف والفقيه الكبير المرحوم الحاج الشيخ مرتضى مطهري قدس سره؛ أما العزاء فباستشهاد ذلك الرجل الفذّ الذي قضى حياته الكريمة الغالية في سبيل تحقيق الأهداف الإسلامية المقدسة والكفاح المتواصل مع كل الأفكار الملتوية المنحرفة. ذلك الرجل الذي عزّ له مثيل في معرفة الدين الإسلامي والمعارف الإسلامية المختلفة وتفسير القرآن الكريم. أما أنا فقد فقدتُ ولداً عزيزاً، وقد فُجعت بوفاته فكان من الشخصيات التي أعدّها ثمرة حياتي، وقد ثلم في الإسلام باستشهاد هذا الولد البار والمفكر الخالد ثلمة لا يسدّها شيء.. وأما التهنئة فلأننا نحظى بوجود أمثال هؤلاء الرجال الذين يضحّون بأنفسهم ويشعون بالنور في حياتهم وبعد وفاتهم. إنني أهنّئ الإسلام العظيم مربّي الأجيال واهنّئ الأمة الإسلامية بتربية رجال يفيضون بالحياة على القلوب الميّتة وبالنور على الظلمات. وإني وان خسرت ابناً عزيزاً كان كبضعة مني، ولكني أفتخر؛ بأنه كان وسيكون في الإسلام وسيكون مثله)

وهكذا قال عنه السيد علي الخامنئي مبينا آثاره الفكرية على نظام الجمهورية الإسلامية الإيرانية: (يوجد القلائل من العلماء من أمثال الشهيد مطهري، بهذه القوة الفكرية والروحية، إن كل خطبة من خطبه يمكن أن تكون عنوانا وعملا تخصصيا كاملا، ولهذا لابد من العمل على مبانيه وخطه الفلسفي وبشكل كبير، إن آثار الشهيد مطهري تمثل المباني الفكرية للجمهورية الإسلامية)